Su padre llamado también John Milton, se trasladó a Londres en 1583 después de ser desheredado por pasar del catolicismo al protestantismo. Se casó con Sara Jeffrey y trabajó como escribano. También destacó como compositor musical. En 1608 nació su hijo, John Milton, y el padre le proporcionó tutores personales y posteriormente lo envió a la escuela de St. Paul donde estudió latín y griego.

Luego, en 1625 entró en el Christ's College de Cambridge, donde empezó a prepararse para entrar en la iglesia de Inglaterra. Fue un buen estudiante pero le expulsaron temporalmente por discutir con su tutor.

En 1632 se graduó y regresó a Londres donde siguió estudiando y escribiendo en su casa durante 5 o 6 años. Leyó obras clásicas de todos los ámbitos, gracias a que conocía latín, griego, hebreo, y en menor medida francés, español, italiano, holandés e inglés antiguo.

En 1638 realiza un viaje por Europa, como era costumbre entre los jóvenes que se lo podían permitir económicamente. Viaja por Francia, Italia, el Vaticano y Suiza, pero en 1639 regresa a Inglaterra al llegarle rumores de una posible guerra civil. Se están librando las "guerras de los obispos", prefacio de la guerra civil inglesa. Carlos I ha invadido escocia y disuelto el parlamento. En 1942 Milton se casa con Mary Powell.

Cuando finalmente estalla la guerra civil se declara republicano, con la victoria parlamentaria y el nuevo gobierno del Commonwealth de Cromwell es proclamado ministro de lenguas extranjeras, con lo que será el encargado de traducir las actas del gobierno al latín y de responder a los ataques literarios contra la república, que vienen sobretodo de parte de religiosos (presbiterianos) y los partidarios de la monarquía (royalistas).

En 1652 Milton pierde la vista y mueren su mujer por problemas en el parto y uno de sus hijos. Tres años más tarde se casará con su segunda esposa, Katherine Woodcock con la que tendrá una hija pero ambas mueren al año siguiente, el mismo año que muere Cromwell. Con su muerte, el Commonwealth está condenado a caer, aun así Milton sigue fiel a sus principios, criticando la unión entre iglesia y estado, y denunciando la corrupción en la iglesia.

Con la restauración de la monarquía, Milton tiene que esconderse por miedo a represalias, y algunas de sus obras son quemadas públicamente. En 1663 es apresado, pero gracias a algunos amigos en el parlamento puede salir al poco tiempo y se casa con Elizabeth Minshull. Trabaja como tutor para jóvenes estudiantes. En 1974 muere por un fallo renal.

" Cuida el saber escrito ya que destruir un libro es casi como matar a un hombre: quien mata a un hombre, mata a un ser de razón, pero quien destruye un libro, mata a la razón humana."
-J. Milton